In het tweede subsidietijdvak van de NOW wordt de subsidie gebaseerd op de loonsom van maart en vergeleken met de loonsom van juni, juli, augustus en september. Bij de bevoorschotting en de vaststelling van de subsidie zal het UWV de loonsommen van de verschillende maanden zo zuiver mogelijk toepassen en vergelijken. Zo worden extra periode salarissen, zoals een dertiende maand, en de uitbetaling van vakantiebijslag uit de loonsommen gehaald. Het uitbetalen van een extra periode salaris heeft daarmee geen effect op de hoogte van de subsidie. Zo wordt voorkomen dat werkgevers enkel vanwege de betaling van een extra periode salaris de volledige NOW-subsidie moeten terugbetalen, vanwege een dalende loonsom.